Na jednom chromozóme sa nachádza niekoľko tisíc génov uložených lineárne za sebou. Gény uložené na jednom chromozóme prechádzajú pri meióze do gaméty ako celok, tvoria väzbovú skupinu.

Alely takýchto génov sa nemôžu vzájomne voľne kombinovať. Vznikajú len také typy gamét, ktorých usporiadanie alel zodpovedá usporiadaniu alel na rodičovských chromozómoch. Jediným spôsobom výmeny iného usporiadania je výmena alel homologických chromozómov pri rekombinácii (crossing-over).

príklad: U dihybrida AaBb sa pri génovej väzbe nachádzajú dominantné alely na jednom chromozóme a recesívne alely na druhom chromozóme (viď obrázok). Ak neprebehne crossing over môžu sa do gamét dostať alely len v nezmenenej kombinácii teda AB a ab. Alely v tejto polohe označujeme ako cis. Ak sa na jednom chromozóme nachádza jedna dominantná a jedna recesívna alela (napr. prebehne crossing-over a homologické chromozómy si vymenia alely), tak sa alely v tejto polohe označujú ako trans (Ab, aB)

Sila väzby medzi dvoma alelami závisí od vzdialenosti týchto alel. Čím sú alely bližšie ku sebe, tým je väzba silnejšia a je menšia pravdepodobnosť ich rekombinácie. Naopak, čím sú alely ďalej od seba tým je väzba slabšia a je väčšia pravdepodobnosť, že budú oddelené crossing-overom.

Chromozómy nemusia vôbec prejsť crossing-overom, ale na druhej strane sa môže stať, že prebehne viacnásobný crossing-over. Pri dvojitom (viacnásobnom) crossig-overi sa stáva, že sa alely dostanú do pôvodnej polohy v akej sa nachádzali pred rekombináciou. Pritom pravdepodobnosť dvojitej rekombinácie je tým väčšia čím sú alely viac vzdialené. Preto sa paradoxne pri slabej väzbe a prebehnutej rekombinácii vôbec nezmení poloha jednotlivých alel.

obr. vzájomná poloha alel pri dvojnásobnom c-o